Por defecto, los sistemas de archivos ext2, ext3, y ext4 reservan un 5% de espacio en la particion de nuestro HDD, es una medida de seguridad por si se da el caso de que la particion llegue a un 100% de espacio utilizado, estos 5% se le reservan al usuario root para poder de esta manera seguir utilizandolo, en particiones pequeñas esto no es muy notable, pero por ejemplo, si hablamos de 500 GiB; aproximadamente dejamos de disfrutar de 25 GiB.
Comencemos desde 0. Supongamos que acabamos de formatear un disco duro de 500 GiB con Gparted (o de cualquier otra forma) con formato ext3 y que la partición creada es /dev/sda2, podremos comprobar que en las propiedades de nuestra nueva partición existen alrededor de unos 25 GiB de espacio utilizado. Utilizamos tune2fs para ajustar este porcentaje de espacio reservado, en este ejemplo lo llevaremos a 0%
Abrimos una terminal y como root o utilizando sudo escribimos:
tune2fs -r 0 -m 0 /dev/sda2
Y listo, ya tendremos prácticamente los 25 GiB recuperados (la casa siempre se queda con algo, alrededor de 190 MiB). Simplemente tecleando tune2fs podremos visualizar algunas de las demás opciones. Esta herramienta es la encargada de modificar todo lo referente a los parámetros del sistema de archivos, inclusive nos permite controlar cuando sera la próxima comprobación del disco duro.
Referencia: http://rm-rf.es/ext3-ext4-liberar-espacio-reservado-con-tune2fs/