sudo apt-get autoclean
Elimina del cache los paquetes .deb con versiones anteriores a los de los programas que tienes instalados.
sudo apt-get clean
Elimina todos los paquetes del cache. El único inconveniente que podría resultar es que si quieres reinstalar un paquete, tienes que volver a descargarlo.
sudo apt-get autoremove
Borra los paquetes huérfanos, o las dependencias que quedan instaladas después de haber instalado una aplicación y luego eliminarla, por lo que ya no son necesarias.
Fuente: UsemosLinux.